Einige kindliche Fehlbildungen haben eine starke Vermehrung des Fruchtwassers zur Folge. Diese kann zu vorzeitigen Wehen, einem Blasensprung oder Atemnot der Mutter führen. In diesen Fällen kann die Drainage eines Teils des überschüssigen Fruchtwassers zu einer Beschwerdemilderung und auch einer Verlängerung der Schwangerschaft führen. Dies ist bei manchen Fehlbildungen entscheidend für das Überleben des Kindes.
Umgekehrt kann bei schweren Erkrankungen der fetalen Nieren oder des harnableitenden Systems die Fruchtwassermenge auch vermindert sein oder es ist gar kein Fruchtwasser vorhanden. Da die Lungenentwicklung dadurch schwer beeinträchtigt wird, ist in ausgewählten Fällen eine wiederholte Fruchtwasserauffüllung sinnvoll, um die Überlebenschance des Kindes zu verbessern. Sowohl Fruchtwasserdraingen als auch Fruchtwasserauffüllungen werden mit einer dünnen Nadel über die Bauchdecke der Mutter durchgeführt. Eine örtliche Betäubung ist dafür meist nicht nötig.